Der Geschmack von Fenchelsaat ist vielleicht am ehesten mit Dill oder Anis zu vergleichen. Das Aroma ist angenehm frisch und leicht süßlich mit einem Hauch von Kampfer. Die Samen schmecken intensiver als die Blätter und zeigen nach dem Rösten ihre Süße. Die beste Qualität ist grünlichgelb und sollte erst kurz vor der Verwendung gemahlen oder zerstoßen werden.
Im Frühling gibt Fenchelsaat Salaten und Soßen eine frische Note und vor allem kalte Suppen, Fischsuppen und gegrillter Fisch können mit Fenchelsaat wunderbar verfeinert werden.
Mit den Samen des Fenchels würzt man Brot, Sauerkraut, Schweinebraten und ebenso die beliebte Florentiner Salami.
Fenchelsaat ist eine der Hauptzutaten des berühmten chinesischen Fünf-Gewürze-Pulvers, das zum Würzen von Fleisch und Geflügel dient. Das indische Garam Masala kommt ohne Fenchel ebenso wenig aus, wie die bengalische Gewürzmischung Panch Phoron.